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过表达引物设计网站直播_过表达引物设计网站推荐(2024年11月全新视觉)

内容来源：我赢网所属栏目：导读更新日期：2024-11-29

过表达引物设计网站

研0也能搞懂基因过表达！𐟎“ 基因过表达到底是个啥？简单来说，就是把你想研究的基因复制到一个载体上，然后设计出一些特殊的引物，把这个基因从原来的地方扩增出来。接着，通过一些方法，比如酶切或者gateway技术，把这个基因插入到一个表达载体中。最后，把这个表达载体转到目标细胞里，让细胞大量表达这个基因和它编码的蛋白质。这样一来，你就能研究这个基因过量表达后的效果了。基因过表达有两种常见的方法：稳定过表达（稳转）：这个方法是把表达载体整合到细胞的染色体上，让细胞长期表达这个基因。适用于研究基因的长期效应和遗传定性。不过，缺点也很明显，效率低，耗时时间长。瞬时过表达（瞬转）：这个方法是把质粒转入细胞质中，让细胞在短时间内表达这个基因。适用于研究基因的短期效应和功能分析。但它的缺点是持续时间短，无法进行遗传分析，还会受到剂量效应的影响。表达载体的几个重要部分：启动子：比如CMV、U6、SV40、EF1퉯𜌥𛬦Ž祈𖥟𚥛 转录，让目的基因在不同的细胞类型、组织或发育阶段中得以表达。标记基因：比如抗生素抗性基因、荧光蛋白基因，这些基因能让细胞在特定条件下存活或死亡，用于筛选出成功转染的细胞。克隆位点：这是一种可以被特定酶切开的序列，用于插入目的基因。密码子：包括起始密码子和终止密码子，分别标志着蛋白质翻译的开始和结束。其他密码子是翻译编码氨基酸的，它们的顺序决定最终的表达蛋白。转染方法：物理方法：比如电穿孔、微注射、基因枪等，通过打破细胞膜让表达载体进入细胞。化学方法：利用化学物质包裹表达载体，形成复合物，通过与细胞膜结合或内吞作用进入细胞。常用的有钙磷共沉淀、脂质体介导法等。生物方法：利用生物载体携带表达载体，通过与细胞受体结合或感染作用进入细胞。比如病毒介导法、质粒介导法等。如果你还有什么疑问，欢迎在下面评论哦！𐟓쀀

PCR扩增技术全解析𐟔좜芰ŸŒŸPCR扩增技术：聚合酶链式反应（PCR）是一种强大的分子生物学工具，用于扩增特定的DNA片段。它在许多领域都有广泛的应用，包括基因克隆、疾病诊断、遗传分析等。 𐟌Ÿ基本原理：PCR通过模拟DNA的自然复制过程，在体外条件下将特定的DNA片段迅速扩增。它依赖于四种脱氧核苷酸、一对引物和DNA聚合酶，通过一系列的变性、退火和延伸步骤来实现扩增。 𐟌Ÿ实验步骤： 1️⃣ 准备试剂：包括目的基因模板、引物（正向和反向）、内参引物、酶、水以及荧光染料等。 2️⃣ PCR循环：变性（95Ⰳ）使DNA双链分离；退火（50-65Ⰳ）让引物与模板结合；延伸（72Ⰳ）在Taq酶的作用下延伸DNA链。 𐟌Ÿ定量分析方法： ”Ct法是一种常用的相对定量分析方法，通过比较实验组和对照组的Ct值来计算相对表达量。 𐟌Ÿ常见问题及解决方法：非特异性扩增：通过优化引物退火温度和使用梯度PCR来解决。引物二聚体：使用融解曲线分析来检测，并在引物设计时避免二聚体形成。荧光信号过弱：检查模板量、引物设计和扩增效率。通过这些步骤和注意事项，你可以更好地掌握PCR扩增技术，为各种生物医学研究提供有力的技术支持。

如何设计qPCR引物：实用指南大家好！今天我们来聊聊如何设计qPCR（定量PCR）的引物。其实，qPCR的引物设计和普通PCR差别不大，都可以用NCBI来方便地设计。不过，由于qPCR鉴定的是mRNA的表达，所以在设计引物时需要特别注意以下几点：第一步：打开NCBI 首先，打开NCBI（美国国立生物技术信息中心）网站，搜索你需要的基因（例如Lepr）。第二步：找到基因卡片点开基因卡片，找到最下方的mRNA和Protein描述。根据你的需求选择合适的Isoform，然后复制NM码。第三步：进入引物设计页面在NCBI的引物设计（Primer design）栏目输入刚才复制的NM码。我个人更喜欢下载cDNA文件，然后用SnapGene手动拉取引物，这样可以直接看到cDNA序列，更加直观。第四步：确认引物CG值在SnapGene中确认引物的CG值（大约50%），Tm值在60度左右。可以多设计几对引物，以防有些引子不工作。希望这些小技巧能帮到大家，祝科研顺利！𐟒ꀀ

分子克隆实战指南：PCR篇 𐟔奈†子克隆的目的是构建目的基因重组体，并在细胞中验证其成功过表达。以下是主要流程： 1️⃣ PCR：获取目的基因TP53基因的CDS区（1182bp），通过PCR并经琼脂糖凝胶电泳验证条带，然后胶回收目的基因。 2️⃣ 酶切：将目的基因与载体用特定限制性核酸内切酶切割，暴露粘性末端，并分别胶回收这两部分。 3️⃣ 连接：用DNA连接酶连接暴露粘性末端的目的基因和载体。 4️⃣ 转化：将连接成功的环状产物转化到大肠杆菌感受态细胞。 5️⃣ 涂板：12-16小时后挑菌做菌落PCR验证。 6️⃣ 摇菌：直接摇菌中提（见之前菌落PCR笔记，可以省去小提步骤）。 7️⃣ 提取质粒并测序。 8️⃣ 转染：将质粒转染细胞24小时后（记得要有对照组，即只转染试剂组）。 9️⃣ 提取细胞总RNA。 𐟔Ÿ 逆转录成cDNA。 1️⃣1️⃣ 设计qPCR引物（Primer bank查询即可）。 1️⃣2️⃣ 实时荧光定量PCR检测目的基因TP53。 ⚠️注意事项： 1️⃣ PCR试剂盒选择：实验室之前使用Takara的Primer star高保真酶，后期发现很多国货非常好用，如ATG巨匠生物的ATG 2*Proofast Master Mix，PCR结果稳定，酶高保真且扩增效率高。 2️⃣ PCR程序设定的两个关键问题：退火温度：与引物性质有关，注意设计引物软件中的Tm值不应算上酶切位点和保护碱基，应只含互补配对部分，这时的退火温度才是准确的。理论上一定范围内，退火温度高时，特异性好。所以很多同学碰到有杂带的情况，可以适当提高退火温度；反之，如果条带不出，可以适当降低退火温度。延伸时间：延伸时间与片段长度有关，还与酶的延伸效率有关，可以参见DNA聚合酶的说明书。 3️⃣ 通过胶回收获得的产物是未暴露粘性末端的双链DNA，所以还需要后续的限制性核酸内切酶进行酶切，将载体和目的基因片段都暴露粘性末端，才能进一步连接。

分子克隆实验指南：从零开始到成功大家好！首先，非常感谢你们的关注和喜欢，真的很开心我的笔记能帮到大家。还记得最开始的那篇笔记，记录了我那次离谱的分子克隆实验，4个片段的同源重组竟然花了两个月！后来我慢慢发现，分子克隆其实非常微妙，有点像高中时的数学，学霸们轻而易举考100分，而我这种小学渣每次都在及格边缘反复横踩。所以，我想用这个账号记录我的科研日常，希望能和大家一起学习。之前的几篇笔记中，我分享过引物设计、载体酶切、同源重组等非常具体的实验方法。但最近我发现，很多粉丝朋友们刚开启自己的科研之旅，或者是偏向临床的科研大佬们，对分子克隆实验整体了解比较少。所以今天，我想跟大家分享一下质粒构建的大体流程。明确你的目标 𐟎斥…ˆ，在构建质粒之前，你需要有一个清晰的计划。明确你要使用哪种克隆方法，比如同源重组、TOPO克隆还是T4连接。TOPO/TA克隆不需要同源臂，而同源重组和T4连接是需要同源臂的。选择合适的载体 𐟚€ 根据你的实验目的，选择合适的表达载体。例如，常用的原核表达载体有pET28a，真核表达载体有pcDNA3.1，CRISPR/Cas9表达载体有Lenti-V2等等。载体可以通过酶切或者环形PCR后，跑胶回收所需的载体片段。设计引物并扩增片段 𐟔슦 𙦍€选的构建方法，设计并合成引物。PCR扩增需要插入的目的片段，PCR的产物也需要通过跑胶回收。连接与转化 𐟔„ 将载体和目的片段连接后，转入合适的感受态细胞内。例如，DH5˜“产生突变或者缺失，而Stable3相对更加稳定。但提质粒时需要使用试剂盒中的去蛋白液洗3遍，以充分去除核酸酶，减少后续对质粒酶切等实验的影响。通常连接产物的用量不超过总体积的1/20。然后在冰上静止20分钟，热激1分钟，再冰上静置3分钟，加入无抗的LB培养基，摇床摇40-60分钟，最后涂在合适抗性的LB平板上。培养与鉴定 𐟧ꊌB板子放在37度培养箱内过夜生长，第二天挑取单克隆细胞，置于合适抗性的LB培养基中摇菌，然后提质粒送测序公司测序。如果你想偷懒的话，也可以直接送菌液到公司哦，菌液和质粒的测序价格是一样的。今天就分享到这啦，希望这些内容对大家有用！如果有什么问题或者要补充的，欢迎评论或者私信哦！𐟘Š

𐟔젒T-PCR实验全攻略：从原理到实践 𐟓š 目录 cDNA与反转录 RT-PCR原理与目的 RNA抽提与质量检测反转录过程 PCR程序与引物设计 PCR酶与体系 PCR产物检测实时荧光定量PCR（RT-qPCR）常见问题与注意事项 𐟔젣DNA与反转录 cDNA（互补DNA）：与RNA链互补的单链DNA。在适当引物的存在下，由DNA聚合酶即反转录酶合成的单链DNA就是cDNA。反转录（Reverse Transcription）：在反转录酶的作用下，以RNA为模板合成DNA的过程。合成的DNA链称为与RNA互补的DNA，即cDNA。 𐟔젒T-PCR原理与目的原理：RT-PCR全称反转录聚合酶链反应（Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction），将RNA的反转录和cDNA的聚合酶链式扩增（PCR）相结合的技术。目的：检测核酸的表达，主要是RNA的表达。DNA不需要反转录的过程，直接PCR检测即可。 𐟔젒NA抽提与质量检测 RNA抽提方法：TRIzol法。主要成分包括苯酚，用于裂解细胞和变性蛋白。 RNA质量检测：分光光度计测定、凝胶电泳法。 𐟔젥转录过程以RNA为模板合成cDNA的过程。在这个过程中，遗传信息的流动方向与转录时相反，因此称为“反转录”。需要反转录酶，合成的DNA称为与RNA互补的DNA（cDNA）。根据不同情况选择不同的反转录引物。 𐟔점CR程序与引物设计 PCR程序：三步法，包括变性、退火和延伸三个基本反应。引物设计：找到目的基因的CDS序列，用软件设计和评价引物，并使用BLAST进行引物特异性检测。引物长度为15-30bp，最常用的为23bp；引物Tm值介于62-73℃之间，上下游引物Tm最好相近以保证其能高效工作；3'-端的Tm值要低于5'端；引物GC含量约为40-60%；避免扩增模板的二级结构域；避免引物的二级结构；避免与靶DNA错配。 𐟔점CR酶与体系 PCR酶：可选择普通的Taq酶、可扩增长片段的Taq酶或高保真酶。 PCR体系：按所选的PCR酶说明书来配制。 𐟔점CR产物检测一般采用琼脂糖凝胶电泳，必要时也可使用聚丙烯酰胺凝胶电泳。 𐟔젥—𖨍祅‰定量PCR（RT-qPCR）基本原理：在PCR体系中加入能够指示DNA片段扩增过程的荧光染料或荧光标记的特异性探针，通过对PCR过程中产生的荧光信号累积或荧光标记的特异性探针释放的荧光信号进行监测和记录，实时监测整个PCR进程，再结合软件对获得的荧光信号数据进行分析，计算待测样品中特定DNA片段的初始量。扩增过程：包括荧光背景信号阶段、荧光信号指数增加阶段和荧光信号平台期阶段。常见问题与注意事项：在进行RT-PCR实验时，需要注意实验条件的选择、引物的设计、RNA的质量控制以及实验操作的规范性等问题，以确保实验结果的准确性和可靠性。

载体构建攻略𐟔犰Ÿ”젨𝽤𝓦ž„建全流程目的基因的扩增首先，从NCBI上找到目的基因的核苷酸序列，利用Snapgene设计引物。通常在序列的前后各选20-25bp作为上下游引物。先用普通MIX进行退火温度优化，然后使用高保真酶（如诺维赞的2X Phanta⮠Max Master Mix）进行50uL体系的扩增。若需要高浓度，可扩增两管。连接连接目的基因与载体可选择T4连接酶，需在目的基因两端设计酶切位点和保护碱基（注意这些位点不能出现在片段内，以免片段被内部切开）。也可选择无缝克隆方式，利用同源重组原理，在引物5'端加入载体的同源臂，引物顺序为同源臂+酶切位点+基因引物。我个人偏爱这种方式，省时方便。本次使用的是诺维赞的ClonExpress⮠II One Step Cloning Kit连接酶，9个片段一次性连接成功。20uL的连接体系在37℃作用30 min，取10 uL用于转化。目的基因与载体的比例本次使用的载体是PcDNA3.1(5500bp)，基本50ng的载体就足够了。ClonExpress⮠II One Step Cloning Kit试剂盒推荐的载体和片段的摩尔比为1：2，例如片段500bp，浓度5ng/uL，载体5000bp，浓度25ng/uL。则片段摩尔数是载体的2倍，片段需要2㗵=10ng，即2uL。转化取10 uL连接产物转化DH5a。阳性克隆的筛选在1.5mL的EP管中加入800 uL的氨苄LB，用10uL的枪头把单个菌落全部占走，打入EP管中，震荡培养4h。一般选择8个克隆。4h后进行菌液PCR鉴定阳性克隆，选择2个送测序。注意事项移码问题：选择酶切位点时注意是否会引起目的基因的移码，可用Snapgene模拟。感受态：购买的商品化感受态可一支当两用，否则太浓不好挑选。自制的感受态在使用前需设置阳性对照，排除感受态质量问题。终止密码子和起始密码子：用于蛋白表达的目的基因需从ATG开始，以终止密码子结尾。 𐟔砦ž„建小贴士退火温度优化：对于高保真酶，退火温度至关重要，可通过梯度PCR找到最佳温度。引物设计：选择合适的引物长度和位置，确保扩增效率和特异性。连接效率：优化连接体系，确保目的基因与载体的高效连接。筛选策略：通过多个克隆的筛选，提高阳性克隆的比例。通过以上步骤，你可以顺利构建出含有目的基因的载体，为后续实验打下坚实基础。

qPCR原理详解：实时荧光定量PCR 大家好，今天我们来聊聊qPCR（定量多聚酶链式反应）的原理。最近有点抑郁，加上药物作用，每天睡12小时，实在没精力更新。不过还是感谢大家的支持，下周有流式实验，到时候会拍操作界面的照片给大家详细讲解。 qPCR和传统PCR的主要区别在于检测方式。传统PCR只是对基因进行扩增，而qPCR则是实时检测底物的荧光强度来判断mRNA的表达量。这就引入了一个重要的概念：Ct值。在qPCR中，基因的表达与荧光强度并不是线性关系，而是指数级增长（因为DNA的扩增是2^n次方）。因此，在某个循环时，荧光强度会达到一个阈值。当荧光强度超过这个阈值时，我们认为是高表达。到达这个阈值需要的循环数越少，基因的表达量就越高。这就是图2中曲线含义的解释（图片来源：Merck）。有人可能会问，既然是mRNA的表达量，为什么说是DNA的扩增呢？这就要提到mRNA和cDNA的概念。空气中存在RNA酶，所以RNA在正常条件下极不稳定。即使是RNA-seq，也需要将RNA逆转录为cDNA。在生物学中，我们一般认为这两者的表达是一致的。篇幅有限，下次再讲操作流程（RNA提取和引物设计等）。感谢大家的支持。

siRNA转染实验步骤及要点详解 siRNA转染步骤：以EpFed转染试剂转染siRNA/质粒于24孔板，siRNA浓度为50nM为例。 1）储存液准备：siRNA使用前瞬时离心，用RNase-free H2O或灭菌ddH2O配制成20/L储存液，分装保存，避免反复冻融（建议不超过5次）。 2）细胞接种：贴壁细胞：转染前24小时接种0.5 - 2㗱05个细胞，转染时细胞融合度为30 - 50%。（铺板时要将细胞消化完全混匀，避免细胞堆积生长）悬浮细胞：转染前24小时接种0.5 - 2㗱05个细胞，转染时细胞数量应在4 - 8㗱05/孔。 3）转染步骤： A. 用25 ⵌ Opti-MEM（或不含抗生素和血清的DMEM培养基）稀释1.25⵬ siRNA（20/L储存液）/500ng质粒，并用枪轻轻吹打3 - 5 次混匀，再加入1.0 ⵌEpFed转染试剂，用枪轻轻吹打3 - 5 次混匀，不可Vortex或离心。siRNA转染细胞的终浓度为50 nM，室温孵育20分钟。 B. 按照24孔板每孔25ⵌ转染试剂-siRNA/质粒混合物，均匀加入到24孔细胞板中，前后轻摇细胞板混合均匀。 C. 细胞板置于37℃、5% CO2培养箱中培养48-72小时。对于某些细胞对EpFed转染试剂比较敏感，可以在转染后4-6小时更换细胞培养液，转染效率无显著影响。 4）效果检测：转染完成后48-72小时均可进行沉默/过表达效果检测，最佳检测时间与细胞类型、转染试剂、检测目的等相关。 siRNA基因沉默效率的常见测定方法和注意事项： QPCR检测：优先推荐QPCR检测RNA水平的沉默效果，推荐在24h到48h检测，可适当调整。QPCR检测沉默效果时，在设计引物时最好是将引物设计在沉默位点（靶序列）的两侧，而不是在同侧。因为RNAi引起的沉默是先进行mRNA的切割之后造成mRNA的降解。另外，即使设计在两侧，也不要离沉默位点（靶序列）太远的地方，不然可能会造成对沉默效果的低估。 WB检测：WB检测蛋白水平的沉默效果，一般在转染后48h到72h间提蛋白检测蛋白水平的沉默效果，检测时间跟目的蛋白的半衰期也有关系，具体的时间需要设计时间梯度，一般理想的是在72h最明显。

内参基因是什么意思大家好，我想请教一下关于QPCR中内参基因和目的基因的问题。最近我在做实验时发现，内参基因的Ct值一般在29-30之间，而目的基因的Ct值在18-20之间。内参基因的Ct值明显高于目的基因，这让我有点困惑。我查阅了一些资料，发现内参基因通常用于校正实验误差，确保目的基因表达量的准确性。然而，如果内参基因和目的基因的Ct值差异过大，可能会影响实验结果的可靠性。有没有哪位大神能告诉我，这种情况是否正常？如果内参基因和目的基因的Ct值差异大，应该怎么处理？是否需要重新设计引物或者调整实验条件？期待大家的宝贵意见，谢谢！𐟙

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